正义联盟:亚特兰蒂斯王座全集故事延续《正义联盟:战争》,背景讲述的是高谭市接二连三发生绑架案,嫌疑人都指向了蝙蝠侠。蝙蝠侠(杰森·奥玛拉 Jason OMara 配音)和绿灯侠(贾斯汀·柯克 Justin Kirk 配音)分头找到真凶的线索,对方留下一个神秘仪器后自爆。为了解开仪器的秘密,二人出发寻找超人(艾伦·图代克 Alan Tudyk 配音)希望弄清真相。当他们正逼近事实时,仪器突然启动,原来这是某个外星入侵者设置的时空通道装置,大批外星人通过它开始侵略地球。与此同时,斯通博士也就神秘仪器展开调查,斯通博士的儿子橄榄球员维克-斯通(Vic-stone)(谢默·摩尔 Shemar Moore 配音)意外被仪器感染,死而复生化身拥有强大实力的超级战士,可以将金属融合成武器,并意外拥有与外星电脑联系的能力,了解外星人的阴谋。